Après l’indépendance de l’Indonésie vis-à-vis des Pays-Bas, en 1949, le pays connaît une longue période de restructuration interne. La mise en place du nouveau gouvernement indonésien est portée par Soekarno. Premier président de la République d’Indonésie, il va peu à peu mener son pays vers une démocratie dirigée. En cette période troublée de l’Histoire, l’archipel indonésien va continuer à être le théâtre de plusieurs conflits d’intérêts aux enjeux géopolitiques importants.
Suite à la fin de la Revolusi et la proclamation de l’Indépendance, le pays connaît plusieurs mouvements insurrectionnels. De nombreuses révoltes accompagnent la venue au pouvoir de Soekarno dans certaines régions indonésiennes comme Sulawesi ou Sumatra. Vite réprimées, elles donnent la possibilité au nouveau président d’imposer l’ordre. Certains conflits vont s’étendre dans le temps, comme celui de la province d’Aceh, au nord de Sumatra. Finalement, celle-ci finira par obtenir un statut spécial lui conférant une certaine autonomie par rapport au reste du pays.
En pleine période de Guerre froide, l’Indonésie s’affirme sur la scène internationale en accueillant la conférence de Bandung (1955) et en portant le mouvement des non-alignés. Les dirigeants des pays du Tiers-Monde comme Zhou Enlai, Nehru ou Nasser participent à cette rencontre. Tous refusent de s’aligner à l’un des deux blocs divisant le monde à cette époque. Les décisions prises pendant cette conférence ont pour effet d’accélérer le processus international de décolonisation et à faire émerger de nouveaux pays face aux Etats-Unis et l’URSS.
Cependant, à partir des années 1960, l’Indonésie rentre en conflit avec d’autres nations pour conserver sa souveraineté sur certaines régions considérées comme indonésiennes. Dès 1962, les relations du pays avec la Malaisie se dégradent et un bras de fer s’exerce entre les deux Etats pour le contrôle de Bornéo. La Konfrontasi oblige l’Indonésie à s’opposer avec virulence aux Britanniques qui selon le gouvernement, mettraient en danger l’indépendance du pays.
Cette confrontation entre la Malaisie et l’archipel indonésien prend fin en 1966, avec la séparation de l’île en trois parties distinctes. L’une appartient à l’Indonésie (Kalimantan), une seconde est sous l’autorité du gouvernement malais tandis que le petit Etat de Brunei occupe une portion de Bornéo.
Par ailleurs, depuis l’Indépendance, la question concernant le contrôle de la Papouasie en Nouvelle-Guinée demeure en suspens. En effet, la région est toujours sous l’autorité des Néerlandais et l’Etat indonésien réclame son annexion. Les Etats-Unis tranchent la question en 1962 et octroient finalement la Papouasie à l’Indonésie.
Les Etats-Unis voient ce rapprochement d’un mauvais œil et craignent l’apparition d’un nouveau conflit en Asie-du-Sud-Est. Cependant, le coup d’Etat de Suharto en 1965 renverse la situation. Désormais, le bouleversement politique que connaît l’Indonésie la force à revoir ses préoccupations internationales. Ainsi, commence une purge politique qui donnera naissance à trente-trois ans de dictature.